BA Étape Clé 8
- Stephanie Edora Manrilla
La page d'accueil du domaine EBS affiche la version du logiciel disponible pour les utilisateurs. La version du logiciel peut également être affichée dans le menu de navigation à gauche. Chaque nouvelle version d'EBS met en avant de nouvelles fonctionnalités clés, des améliorations, des corrections de bugs ou les trois. Pour plus de détails sur chaque version, consultez les liens ci-dessous.
Version 23.12.13
Tâches en attente pour de nouvelles demandes.
Dans la colonne des Tâches, les nouvelles demandes d'analyse créées sont désormais notées comme En Attente (pending) pour indiquer qu'elles n'ont pas encore de tâches associées. Auparavant, l'étiquette par défaut dans la colonne des Tâches était soit Unique (Single) ou Multiple (Multiple) pour donner une idée du nombre de tâches créées pour une demande.
La codification couleur des données de caractères est désormais cohérente avec les outils Core Breeding et PDM.
Lors de la visualisation () des résultats des tâches pour une demande, la codification couleur des données est désormais normalisée avec les outils PDM et Gestion d’Expérimentation (Experiment Manager) et Collecte des Données (Data Collection) du Core Breeding. Les valeurs aberrantes possibles sont mises en surbrillance en orange clair, tandis que celles supprimées sont en gris.
La codification couleur des données de caractères est désormais uniforme avec les outils Core Breeding et ARM.
Dans la table des caractères, la codification couleur des données de caractères est désormais normalisée avec ARM ainsi qu'avec les outils Gestion d'Expérimentation (Experiment Manager) et Collecte des Données (Data Collection) du Core Breeding. Les cellules présentant des valeurs aberrantes possibles sont mises en surbrillance en orange clair, tandis que celles supprimées et incorrectes sont en gris et en rouge, respectivement. Les données douteuses et bonnes sont toutes deux affichées sans couleur, tandis que celles manquantes sont mises en surbrillance en bleu et indiquées par "NA".
Correction de bug
Vous pouvez maintenant voir correctement la page d'accueil de la BA avant de vous connecter et lorsque vous vous déconnectez, et
Lorsqu'ils sont cliqués, les noms des outils sont surlignés en gris dans le menu de navigation de gauche.
Le menu de navigation de gauche a été amélioré.
Pour plus de commodité, vous pouvez désormais choisir d'avoir le menu de navigation gauche toujours ouvert. Pour ce faire, il vous suffit de deployer le menu de navigation de gauche () et de trouver le bouton > près du bas. Sinon, cliquez sur < pour masquer le menu.
Version 23.11.29
La sélection des occurrences d'expériences pour les demandes d'analyse d'occurrence unique (SOA) a été améliorée.
Cette version apporte des améliorations aux expériences et aux occurrences répertoriées dans l'onglet Expérimentation. Plus précisément, vous pouvez maintenant:
Sélectionner des occurrences utilisant un dispositif non spécifiée (unspecified design): Vous pouvez désormais utiliser des occurrences issues d'expériences de tests de sélection utilisant le dispositif non spécifiée pour créer une demande SOA. Depuis le navigateur de données ARM, demandez une SOA. Sélectionnez l'occurrence dans l'onglet Expériences et choisissez les caractères pour lesquels vous souhaitez demander des analyses. Une fois terminé, cliquez sur Soumettre (Submit) pour envoyer votre demande. Attendez les résultats en surveillant les statuts des tâches dans le navigateur de données ARM.
Voir la démo complète ici.
Ajouter plus d'occurrences à votre demande SOA: Cette fonctionnalité vous permet de sélectionner une ou plusieurs occurrences dans la même expérimentation et de les ajouter à votre demande SOA en cours. Pour ce faire, vérifiez la qualité de vos données de caractères dans PDM. Après avoir vérifié la qualité (QC) d'au moins un (1) caractère dans PDM, vous pouvez maintenant procéder à l'analyse (Analyze) de votre occurrence dans ARM. Vous serez redirigé vers l'onglet Expérimentation de ARM, où toutes les occurrences de vos expérimentations sont répertoriées. Ici, l'occurrence actuelle est déjà sélectionnée, mais vous pouvez en choisir d'autres pour les inclure dans votre demande SOA actuelle.
Voir la démo complète ici.
La sélection des tâches pour les demandes d'analyse multi-occurrences (MOA) est améliorée.
En préparation à la prise en charge prochaine des demandes demandes d'analyse multi-occurrences (MOA), un meilleur affichage de toutes les tâches finalisées ( finalized) dans l'onglet Expériences est désormais disponible. Depuis le navigateur de données ARM, demandez une MOA. Les identifiants de tâche pour chaque caractère analysé sont maintenant regroupés dans un menu déroulant. Sélectionnez les tâches analysant le même caractère à partir d'au moins deux (2) occurrences différentes. Vous pouvez désélectionner une tâche pour un caractère en choisissant l'option "---". De plus, une info-bulle s'affiche lorsque vous passez votre curseur chaque tâche, montrant la date et l'heure de finalisation de la tâche.
Voir la démo complète ici.
Corrections de bugs
Vous ne devriez rencontrer aucune erreur lorsque :
vous filtrez les navigateurs de données ARM pour les onglets Expériences SOA et MOA et que vous développez chaque expérience pour afficher une ou plusieurs occurrences, et
vous annulez la dernière tâche d'une demande, ce qui vous redirigera automatiquement vers le navigateur de données ARM.
La gestion des occurrences est améliorée.
Cette version résout les limitations du navigateur de données PDM mentionnées dans la version 23.09. Plus précisément, vous pouvez désormais:
Parcourir plus d'occurrences: Vous pouvez maintenant parcourir toutes les occurrences d'expérimentation d'essai de sélection(Breeding Trial (BT)) dans le navigateur de données PDM. Vous pouvez également naviguer facilement dans la liste en utilisant les fonctions de pagination et de filtrage. Auparavant, seules cent occurrences étaient disponibles dans le navigateur.
Parcourir plus d'occurrencesRefléter immédiatement les colonnes de caractères ayant fait l'objet d'un contrôle de qualité (QCed): Dans la Table des Caractères, vous pouvez désormais vous attendre à ce que les colonnes de caractères ayant fait l'objet d'un contrôle de qualité (QCed) soient immédiatement mises en surbrillance en vert. Cliquez sur l'icône de sauvegarde () dans la barre d'outils et marquez le(s) caractère(s) comme ayant fait l'objet d'un contrôle de qualité, puis enregistrez (Save) la transaction.
Refléter les caractères QCedSélectionner des occurrences utilisant le dispositif non spécifiée: Les expérimentations d'essai de sélection(Breeding Trial (BT)) utilisant le dispositif non spécifiée sont désormais incluses parmi les occurrences disponibles pour la sélection dans le navigateur de données PDM. À partir du navigateur de données PDM, explorez (Explore) la qualité des données de caractères des occurrences utilisant le dispositif non spécifiée.
Sélectionner des occurrences utilisant le dispositif non spécifiée
Corrections de bugs
Les problèmes signalés ont été résolus. Les éléments suivants fonctionnent désormais comme prévu :
Un graphique de carte thermique est tracé en utilisant les valeurs X et Y (PA X, PA Y) de l'arrangement de plantation.
Refléter de nouvelles données de caractères dans la Table des Caractères et les boîtes de liste de caractères après avoir mis à jour vos données de caractères vers la version la plus récente disponible du Core Breeding.
Visualisez les résultats des demandes de génotypage.
L'outil d'analyse des données moléculaires (MDA) met en œuvre des pipelines analytiques clés pour les analyses moléculaires prises en charge dans EBS. Dans cette version, le navigateur de données MDA répertorie toutes les demandes de génotypage dont les résultats sont prêts à être visualisés () et téléchargés(). Le navigateur de données récupère toutes les demandes de génotypage avec le statut Pésultats Prêts (results ready) à partir de l'outil Request Manager du domaine Service Management.
Une nouvelle page de connexion est activée.
Vous pouvez désormais vous connecter au domaine de Breeding Analytics (BA) en utilisant la nouvelle page de connexion. Il vous suffit d'accéder au domaine BA via l'icône Domain () ou en utilisant un lien. Un message de bienvenue, une brève description du domaine et sa version actuelle figurent sur la page de connexion.
Version 23.10.25
Les demandes d'analyse multi-occurrences (MOA) sont désormais prises en charge.
Le menu déroulant Demander une Analyse (Request Analysis) inclut désormais l'option de demander une MOA. Voici les caractéristiques principales :
Onglet Expérimentation: Cet onglet répertorie toutes les demandes d'analyse d'occurrence unique (SOA) fermées que vous pouvez sélectionner. L'explorateur de données affiche également les identifiants de tâche pour chaque caractère analysé. Pour procéder à la demande MOA, vous devez choisir le même caractère dans au moins deux (2) occurrences différentes pour l'analyse. Cela permet d'activer le bouton Suivant (Next).
Onglet Options: Cet onglet vous permet d'extraire les BLUEs et les métriques d'analyse au format CSV. Dans cette version, le téléchargement des BLUPs est désactivé. Cliquez sur Soumettre (Submit) pour commencer le téléchargement du fichier zip contenant les fichiers de métriques et de prédictions sur votre appareil.
Demandes MOA
La gestion des demandes d'analyse d'occurrence unique (SOA) a été améliorée.
Cette version améliore l'expérience utilisateur en termes de gestion des tâches dans les requêtes SOA. Les améliorations suivantes sont discutées ci-dessous.
Visualisation des identifiants de tâche: Depuis le navigateur de données ARM, ouvrez une demande SOA en cliquant sur l'icône de visualisation() . Dans le tableau Liste des tâches, des identifiants de tâche sont désormais attribués à chaque tâche d'analyse pour une identification plus facile. L'identifiant de tâche est un code généré par le système composé du préfixe 'J', suivi d'un numéro de séquence.
Identifiants de tâcheAccès restreint aux tâches annulées (voided) et finalisées (finalized): Lorsque vous choisissez d'annuler (Void) une tâche dans une demande SOA, le système désactive désormais l'accès à celle-ci. De plus, le système désactive tous les boutons pour les tâches finalisées (Finalized), à l'exception du bouton de filtrage (). Cela empêche toute modification ultérieure des données.
Accès restreint aux tâches annulées et finalisées
Corrections de bugs
Les problèmes signalés ont été résolus. Les points suivants fonctionnent désormais comme prévu :
Dans l'onglet Expérimentation, le bouton Tout sélectionner est automatiquement décoché lorsque vous désélectionnez au moins une (1) occurrence.
Les demandes avec plus de 15 tâches sont maintenant traitées avec succès.
Le statut de demande annulée (canceled) est correctement affiché lorsque toutes les tâches ont un statut void or error.
Les données actualisées sur les caractères peuvent désormais être chargées.
Une nouvelle fonctionnalité, le bouton Vérifier les mises à jour (Check for Updates), figure dans la Table des Caractères. Cela vous permet de travailler sur la version la plus récente de vos données de caractères, que le système obtient du domaine Core Breeding. Après avoir cliqué sur le bouton, vous serez informé si les données de caractères sur lesquelles vous travaillez sont toujours à jour (Up To Date). Sinon, le bouton vous invitera à effectuer une mise à jour de transaction (Update Transaction). La cohérence des données de caractères dans les tables de statistiques et de caractères sera encore améliorée dans les versions à venir.
La gestion des données sur les caractères a été améliorée.
Suppression des valeurs dans l'onglet Boîte à Moustaches(Box Plot): Vous pouvez maintenant définir les valeurs à supprimer lorsque les données de caractères sont visualisées dans un graphique en boîte à moustaches. Sélectionnez un trait, puis générez (Generate) le graphique en boîte à moustaches. La nouvelle section Supprimer les Valeurs aberrantes (Suppress Outlier) s'affichera, où vous pourrez définir a) la valeur limite supérieure et b) la valeur limite inférieure des valeurs aberrantes du trait à supprimer. La première supprime toutes les valeurs aberrantes possibles pour ce trait qui sont supérieures ou égales à la valeur identifiée, tandis que la seconde supprime toutes les valeurs aberrantes possibles pour ce trait qui sont inférieures ou égales à la valeur fournie. Cliquez sur Supprimer (Suppress) pour appliquer les changements au graphique en boîte à moustaches et à la Table des Caractères.
Supprimer les valeurs aberrantes dans l'onglet Boîte à MoustachesReflet des colonnes ayant fait l'objet d'un contrôle de qualité (quality-checked (QCed)). Toutes les colonnes de données de caractères ayant fait l'objet d'un contrôle de qualité sont surlignées en vert et sont correctement reflétées à chaque fois que vous ouvrez une nouvelle transaction.
Colonnes de caractères QCed
Corrections de bugs
Aucune erreur n'est à prévoir lors de l'ouverture et de la création d'une nouvelle transaction.
Version 23.09.27
La gestion des demandes d'analyse d'occurrences uniques (single-occurrence analysis(SOA)) est améliorée.
Cette version améliore l'expérience utilisateur en termes de gestion des demandes et résultats SOA. Plus précisément, vous pouvez désormais :
Afficher les résultats de la première tâche avec un statut prêt (ready): Dans le navigateur de données ARM, cliquez sur l'icône de visualisation () à côté du nom de la demande. Cela vous redirige vers la page de visualisation des résultats de l'analyse, où les résultats de la première tâche prête (ready) sont immédiatement affichés. En l'absence de tâche prête, la tâche suivante avec un statut Finalisé (finalized) est alors affichée.
Naviguer de nouveau vers le navigateur ARM: Un nouveau bouton Retour (Back) est activé dans la page de visualisation des résultats de l'analyse, vous permettant d'être redirigé vers le navigateur de données ARM.
Finaliser et passer à la tâche suivant: Lorsque vous finalisez (Finalize) une tâche, la tâche prête (READY) suivant est automatiquement chargée. Après avoir finalisé toutes les tâches d'une demande, vous êtes invité à rester sur la page de visualisation des résultats de l'analyse ou à retourner au navigateur de données ARM.
Gérer facilement vos résultats: Dans l'onglet Tableau des Résidus (Table of Residuals), un nouveau bouton de filtre () vous permet d'afficher a) uniquement les valeurs aberrantes possibles, b) uniquement les données supprimées, ou c) les deux. Le nouveau bouton Éditer (Edit) vous permet également 1) de supprimer toutes les valeurs aberrantes possibles, ou 2) de supprimer tous les points de données sélectionnés.
Gérer les demandes SOA
Corrections de bugs
Vous ne devriez rencontrer aucune erreur lors de l'annulation d'une tâche dans une demande d'analyse.
Parcourir les occurrences depuis le navigateur de données PDM.
Vous avez maintenant la possibilité d'accéder directement aux occurrences depuis le navigateur de données PDM, facilitant ainsi la vérification de la qualité de vos données. Les occurrences répertoriées dans le navigateur sont limitées aux expériences d'essais de sélection (Breeding Trial (BT)) ayant un statut de Collecte de Données de Traits (trait data collected), ce qui correspond aux mêmes exigences lors de l'utilisation de Gestion d’Expérimentation (EM) comme point d'entrée vers PDM. Dans cette version, seules les 100 premières entrées sont affichées dans le navigateur. Cette version exclut également les expériences BT utilisant l'étape d'essai au champ (On-Farm Trial) et le dispositif non spécifié (Unspecified design).
Connectez-vous (Log in) au domaine de Breeding Analytics avec vos identifiants institutionnels. Ouvrez le menu de navigation à gauche et choisissez PDM. Depuis le navigateur, recherchez votre expérimentation et cliquez sur l'icône d'expansion (>). Ensuite, sélectionnez une occurrence et cliquez sur Explorer (Explore) pour commencer l'évaluation de vos données de traits.
Consulter l'historique des modifications pour les données de traits.
Un historique des modifications est une liste des changements apportés au code de contrôle qualité (QC) des données. Cela vous permet de consulter un historique des modifications contenant des détails sur qui a effectué les changements et quand, à condition que ces changements aient été enregistrés. Cette fonctionnalité est disponible dans la Table des Traits. Cliquez simplement avec le bouton droit sur une cellule et choisissez d'afficher l'historique des modifications (show edit history). La petite fenêtre contextuelle affiche la modification la plus récente des données. Elle indique également le nombre total de modifications apportées. Vous pouvez afficher chaque changement à l'aide des icônes de navigation de page (< et >).
La gestion et la visualisation des données sont améliorées.
Les fonctionnalités améliorées suivantes sont mises en œuvre pour cette version :
Modifier le code QC par trait: Cette option vous permet de mettre à jour les codes QC des données de traits en bulk. Depuis le bouton Modifier (Edit), choisissez de changer le code QC par trait. Cela ouvre la fenêtre modale, où vous pouvez choisir le Trait (Trait) puis le code QC ( QC code) que vous souhaitez appliquer à l'ensemble de données. Une notification confirme ensuite les modifications apportées dans la Table des Traits. Cliquez sur les icônes de rafraîchissement () dans les Tables de Statistiques et de Traits pour mettre à jour les valeurs.
Modifier le code QC par traitLes cartes thermiques utilisent désormais les valeurs X et Y de l'arrangement de plantation (planting arrangement (PA)): Lors de la visualisation de l'amplitude des données relatives aux parcelles et aux caractères de l'occurrence dans l'onglet Cartes thermiques (Heatmaps), les valeurs PA X et PA Y sont désormais utilisées dans le graphique. Auparavant, le graphique utilisait les valeurs Field X et Field Y.
Valeurs PA X et PA Y dans les cartes thermiques
Corrections de bugs
Les problèmes signalés ont été résolus. Les éléments suivants fonctionnent désormais comme prévu :
Dans la Table des Traits, les modifications des codes QC sont désormais immédiatement reflétées dans les données et en termes de couleur de fond de cellule.
Dans la Table des Statistiques, les valeurs incorrectes sont désormais correctement exclues du calcul du nombre de valeurs valides.
Une nouvelle fonction de téléchargement est activée.
L'outil d'analyse des données moléculaires (Molecular Data Analysis (MDA)) implémente des pipelines analytiques clés pour les analyses moléculaires prises en charge dans EBS. Suite à son lancement en juillet 2023, l'outil est amélioré avec une nouvelle icône de téléchargement () présente dans la barre d'outils du navigateur de données MDA. Vous avez la possibilité de:
Télécharger les données de la demande de génotypage en cours:Cette option vous permet d'exporter les données actuellement affichées dans le navigateur. Ainsi, vous pouvez personnaliser les données affichées à l'aide de filtres et du bouton de contrôle de la page. Après le téléchargement, un fichier CSV est ensuite enregistré sur votre appareil.
Télécharger les données nettoyées de la demande de génotypage: Cette option vous permet d'exporter uniquement les données de génotypage nettoyées, comprenant a) des échantillons avec des données manquantes inférieures ou égales à 5 %, et b) des marqueurs avec un taux ( call rate) d'au moins 95 %. Après le téléchargement, un fichier CSV est ensuite enregistré sur votre appareil.
Télécharger toutes les données de demande de génotypage: Cette option vous permet d'exporter l'ensemble des données de génotypage disponibles pour une demande. Un fichier XLS est ensuite enregistré sur votre appareil.
Trois manières pour télécharger les données de demande de génotypage
La page se recharge automatiquement après la sélection d'un nouveau programme.
Un filtre de programme (program) est disponible dans la barre de menu du domaine. La sélection d'un programme indique au domaine que vous souhaitez voir et accéder uniquement aux expériences, aux occurrences et aux données de ce programme. Lorsque vous souhaitez passer à un autre programme, la page est rechargée désormais pour actualiser les navigateurs et n'afficher que les données qui s'y rapportent. Cette fonction est disponible pour les outils PDM et MDA.
Si vous avez des questions ou si vous rencontrez des difficultés, n'hésitez pas à soumettre une demande d'assistance via le portail de service et support en ligne d'EBS. Nous sommes impatients de vous apporter notre aide!